Biologiste Computationnel
Poste permanent à temps plein

À propos du poste

Imagia Canexia Health est actuellement à la recherche d’un.e biologiste computationnel expérimenté avec une expertise en épigénétique pour rejoindre son équipe. Le candidat en épigénétique computationnelle fera partie de notre équipe de science computationnelle, qui dirige le programme de recherche et de développement en bioinformatique chez Imagia Canexia Santé (ICH). Relevant de la gestionnaire principal de la science computationnelle, vous développerez des logiciels et des méthodologies pour effectuer l’analyse des données de séquençage génomique à l’aide de technologies de pointe de séquençage de l’ADN afin de détecter les marqueurs de méthylation pour le traitement et le pronostic du cancer. Vous travaillez de manière indépendante ainsi qu’en collaboration avec des programmeurs de logiciels, d’autres biologistes computationnels, des généticiens cliniques et du personnel de laboratoire.

Ce poste est un emploi à temps plein basé  à Montréal ou Vancouver avec possibilité de télétravail en mode hybride.

Pour être admissible à ce poste, une candidature doit être légalement autorisée à travailler au Canada.

Vous serez responsable de :

En tant que membre de notre équipe, vous aurez à :

  • Évaluer et examiner les outils développés à l’extérieur en vue d’une éventuelle adoption interne.
  • Travailler en étroite collaboration avec l’équipe du laboratoire pour développer des pipelines bioinformatiques et des méthodologies pour détecter les marqueurs de méthylation à partir de nouveaux développements de tests.
  • Fournir une analyse et une interprétation des données de méthylation.
  • Travailler en étroite collaboration avec l’équipe logicielle pour intégrer les nouveaux pipelines dans la plateforme informatique de l’ICH et pour optimiser les pipelines.
  • Évaluer la performance des algorithmes dans des échantillons commerciaux et cliniques.
  • Développer, gérer et documenter les pipelines d’analyse des données de séquençage du génome et d’autres algorithmes et modèles statistiques.
  • Maintenir ses connaissances à jour sur les nouvelles méthodes et les nouveaux algorithmes d’analyse de la méthylation dans les données de séquençage du génome du cancer.

 

À propos de vous

La personne que notre équipe cherche à accueillir

Le ou la candidat(e) recherché(e) est généralement titulaire d’un doctorat en biologie computationnelle, en informatique, en mathématiques appliquées ou en bioinformatique, ainsi que d’au moins une année d’expérience en épigénétique. Toute combinaison équivalente d’éducation et d’expérience pourrait également être considérée.

Exigences

  • Dossier avéré: de publications de qualité que vous êtes prêt à nous présenter.
  • Expérience en recherche: Expérience antérieure dans le domaine de l’épigénétique computationnelle et de la recherche sur le cancer. Expérience dans l’analyse de données de séquençage du génome entier.
  • NGS: Expérience dans l’analyse ou le développement de méthodes génomiques et/ou de séquençage de nouvelle génération de niveau avancé.
  • Compétences analytiques remarquables:  Expérience dans le développement et la mise en œuvre de pipelines bioinformatiques.
  • Souci du détail: Méticulosité sans compromis dans l’exécution des analyses.
  • Linux/UNIX: Expérience du travail avec des interfaces de ligne de commande.
  • Codage: Maîtrise de Python (de préférence) ou d’un autre langage de codage.
  • Maîtrise de la technologie: Expérience de plus de 3 ans avec les outils d’analyse NGS standard tels que samtools, les logiciels d’alignement et les outils d’appel de méthylation.

Atouts

  • Familiarité avec la fragmentomique
  • Expérience préalable avec la technologie ONT
  • Expérience avec les techniques ML/AI pour l’analyse de grands ensembles de données
  • Expérience avec GitHub et l’informatique en nuage telle que AWS ou Azure

À propos de nous

Nous pensons que toute personne atteinte du cancer devrait bénéficier de la même chance de se battre pour survivre et s’épanouir. Nous œuvrons dans un domaine en constante évolution attirant des personnes brillantes et talentueuses qui s’engagent à faire la différence pour les patients atteints du cancer. Toutefois, nous n’avons pas tous le même accès aux dernières percées médicales. Ceux qui se joignent à nous sont animés d’une vision visant l’accès équitable aux composantes essentielles des traitements contre le cancer. Ensemble nous formons une équipe dynamique de taille moyenne qui, partant de rien, bâtit cette vision. En nous rejoignant, vous vous investirez instantanément, ferez preuve d’autonomie et déploierez votre expertise pour faire de cette vision commune une réalité.

Nous sommes un employeur offrant l’égalité des chances. Nous sommes engagés à créer un environnement inclusif pour tous les employés.

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Computational Biologist
Permanent full-time position

About the position

Imagia Canexia Health  is currently on the lookout for an experienced Computational Biologist with expertise in Epigenetics to join its team. The Computational Epigenetics candidate will be part of our Computational Science team, which leads the bioinformatics research and development program at Imagia Canexia Health (ICH). Reporting to the Sr. Manager of Computational Science, you will develop software and methodologies to perform analysis of genomic sequencing data using leading edge DNA sequencing technologies to detect methylation markers for cancer treatment and prognosis. You work independently as well as together with software programmers, other computational biologists, clinical geneticists, and laboratory personnel.

This is a full-time employment opportunity based in our Montreal or Vancouver office with the possibility of remote work in hybrid mode.

To be eligible for this position, an applicant must be legally entitled to work in Canada.

What you’ll be accountable for :

As a member of our team, you will:

  • Evaluate and screen externally developed tools for potential internal adoption.
  • Work closely with the laboratory team to develop bioinformatics pipelines and methodologies to detect methylation markers from novel assay developments.
  • Provide analysis and interpretation of methylation data.
  • Work closely with the software team to integrate the novel pipelines in the ICH Informatics Platform and to optimize the pipelines.
  • Evaluate the algorithm performance in commercial and clinical samples.
  • Develop, manage, and document genome sequencing data analysis pipelines and other algorithms and statistical models.
  • Keep up-to-date with novel methods and algorithms for methylation analysis in cancer genome sequencing data.

 

About you

The person our team is looking to welcome

The preferred candidate generally holds a PhD in computational biology, computer science, applied mathematics, or bioinformatics., as well as at least one year of experience in Epigenetics. Any equivalent combination of education and experience could also be considered.

Requirements

  • Proven track record: of strong publications that you are ready to show us.
  • Research experience: Prior experience working in computational epigenetics and cancer research. Experience in analysis of Whole Genome Sequencing Data.
  • NGS: Experienced in advanced level genomic and/or next-generation sequencing analysis or methods development.
  • Commendable analytical skills: Experience in developing and implementing bioinformatics pipelines.
  • Attention to detail: Uncompromisingly meticulous with execution of analysis.
  • Linux/UNIX: Experienced in working with command-line interfaces.
  • Coding: Proficient with Python (desirable) or other coding language.
  • Tech savvy: Experienced for 3+ years with standard NGS analysis tools such as samtools, alignment software,  and tools for methylation calling.

Nice-to-haves :

    • Familiarity with fragmentomics
    • Prior experience with ONT technology
    • Experience with ML/AI  techniques for the analysis of large data sets.
  • Experience with GitHub and cloud based computing such as AWS or Azure

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About Us

We believe everyone with cancer should have the same fighting chance to survive and thrive. We work in a rapidly evolving field that attracts smart, talented people who are committed to making a difference for cancer patients. But not everyone has access to the latest advances. People who join us are committed to bringing equity to critical aspects of cancer care. We are a lean and driven team building on this vision from the ground up. You’re a self-starter who can pitch in right away by deploying your own expertise to make this shared vision a reality.


We are an Equal Opportunity Employer. We are committed to creating an inclusive environment for all employees.

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